五大连池的湖泊沼泽化是最大问题，属富营养化湖；水温5月中旬上升至10℃以上，9月下旬降至10℃以下、最高水温在7月(20～26℃)。五大连池共计有鱼类10科、39种，常见的种类有卿鱼、鲤鱼、餐鱼、鲢鱼、鳙、草鱼等。

    五大连池各池种类分布无差异、但群体数量有明显不同。三池因投放鲢、鳙鱼，目前以鲢鱼数量最多、其次是鲫鱼、青梢红鲌、鲤鱼等，五池以鲤鱼数量最多，一池、二池、四池均以鲫鱼数量最多。

    90年代五大连池共鉴定出浮游藻类74属，177种。形态描述五大连池由五个相连的火山堰塞湖而成，五湖自南向北依此数，五池总面积18．47平方公里，蓄水量1．57亿立米，五池池池相连，长5250米；四池、五池为泥沙底，三池部分为泥沙底，部分为熔岩底，二池大部分为熔岩底，少部分为泥石底，一池全部为熔岩底；本地区河流发育不良，无大河流，水流量较小，主要河流有：石龙问(白河)、药泉河、药泉河。

    1982年，五大连池以黑龙江五大连池风景名胜区的名义，被国务院批准列入第一批国家级风景名胜区名单。中国目前已建立12个火山地貌景观类型的国家公园，但只有五大连池被选进世界地质公园之列。